L’Hospital té una llarga tradició en investigació que el situa com a institució de referència, tant a nivell nacional com internacional.

Una part significativa de les activitats d’investigació de l’Hospital s’articulen a través de l’Institut d’Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer (IDIBAPS).

La gestió i l'administració dels projectes d’investigació es realitzen a través de la Fundació Clínic per a la Recerca Biomèdica.