La Fundació té com a missió oferir un servei d'excel·lència a la investigació i la innovació que la consolidi com a referent nacional i internacional. L’objectiu és contribuir a millorar la salut y la qualitat de vida de la població a Catalunya, Espanya i a nivell global a través de l’eficiència, la professionalitat, un treball responsable i una orientació científica i social.
La Fundació ofereix varis serveis científics i de suport a la investigació, que gestiona directament o a través d'organismes associats. L'Hospital Clínic té una llarga tradició en recerca que el situa com a institució de referència tant a nivell nacional com internacional. La gestió i administració dels projectes d'investigació es realitzen a través de la Fundació. La gestió de l’entitat s'estructura en dues parts diferenciades; d'una banda l'activitat relacionada directament amb els projectes de recerca i els moviments econòmics que generen. De l'altra, les activitats de funcionament de l'estructura de la pròpia Fundació, entenent com a tal els serveis comuns posats a disposició de tots els investigadors.
L'activitat investigadora de la Fundació es divideix en 6 àrees i aquestes a la vegada es subdivideixen en diferents grups d'investigació els quals capten els seus recursos econòmics a través de la Fundació mitjançant beques i convocatòries públiques i privades. Els principals finançadors públics que han donat suport a la nostra institució a nivell nacional són el Instituto de Salud Carlos lll i el Ministerio de Ciencia e Innovación i a nivell internacional la Unió Europea, entre molts altres. Destaquem també la participació de gran quantitat de finançadors privats.
La Salut Internacional és un dels àmbits d’excel·lència de la Fundació i un referent a nivell nacional i internacional basat en un model que comporta la integració ďun potent grup d'investigació amb institucions assistencials i acadèmiques de primer nivell, com són I'Hospital Clínic i la Universitat de Barcelona. A través de la Fundació es desenvolupen col·laboracions a països de renta baixa, com per exemple el Centre d'investigació en Salut Internacional de Manhiça a Moçambic (CISM) o la Maternidad del Hospital Español de Tetuan (Marroc). Aquests dos centres, pioners a l'àmbit de la investigació en salut internacional, disposen de nombroses fonts de finançament dins de les quals destaquem l'Agencia Española de Cooperación Internacional (AECI) del Ministerio de Asuntos Exteriores, la Fundació Bill and Melirıda Gates, la Fundación BBVA, la Fundació “La Caixa”o la Generalitat de Catalunya.
Per una altra banda, la Fundació realitza activitats de docència rellevants a nivell de pre i post-grau, així com formació continuada del personal de la plantilla. A traves dels seus professionals també desenvolupa una oferta de formació que pot ser facilitada i organitzada sota la marca Aula Clínic.
Una altra de les activitats de docència portada a terme per la Fundació és la formació de Tècnics de Grau Superior en Imatge per al Diagnòstic de l'escola Eixample Clínic. El professorat d'aquesta escola està format per metges, diplomats en infermeria i tècnics en imatge per al diagnòstic que formen part del personal del Centre de Diagnòstic per la Imatge Clínic (CDIC) de l'Hospital Clínic de Barcelona.
La Fundació està impulsant el desenvolupament de la innovació. La funció d'innovació és un procés transversal que no té cap sentit sense una investigació competitiva i de qualitat com la que realitza la Fundació. Per dur-la a terme la Fundació està realitzant accions com ara I'avaluació de nous medicaments, de noves tecnologies, de procediments, de teràpies, etc. També realitza tasques per oferir un servei de suport a l'investigador per facilitar el traspàs dels resultats de la seva investigació al mercat (Propietat Intel·lectual, Spin-Offs, Patents i Licensing). Unes altres accions per impulsar el desenvolupament de la innovació son la gestió eficient del coneixement, creant entorns virtuals afavoridors i el desenvolupament d’aliances estratègiques amb institucions de primer nivell.